Siete años de duro aprendizaje habían servido a Pacomio para descubrir los secretos de la vida interior y conocerse a sí mismo por dentro, con todas sus debilidades y miserias. Del maestro había aprendido muchas cosas, a sufrir sin quejarse, a mantener a raya sus apetitos, a prevenir las sutiles tentaciones del demonio, a rezar con el corazón abierto. No fue nada fácil al principio, pero el ejemplo del viejo anacoreta que tenía a su lado le estimulaba y se decía a sí mismo “lo que hace este anciano exangüe ¿cómo no lo he de hacer yo que me encuentro en plena juventud?” Podía hacerlo y lo hizo, pero llegó un día en que quiso explorar nuevos caminos y acompañado de un séquito de discípulos, allá por el año 320, en un paraje idílico, junto a la ribera derecha del Nilo, llamado “Tabenna”, que significa Jardín de las Palmas de Isis”, al N. de Tebas, montó el cuartel general de lo que habría de ser una nueva forma de vivir el evangelio.
El fundador del Cenobio, hombre práctico dotado de facultades organizativas, con una visión diferente, iba a ir desarrollando progresivamente un nuevo programa monacal menos riguroso y más flexible y humano, donde los hermanos pudieran vivir en comunidad. Al monasterio de Tabenna, que llegó a tener mil cuatrocientos monjes, se le unieron otros más. Los cenobios vivían un tiempo de esplendor y Pacomio había realizado una obra descomunal con vocación de futuro. El eremitismo de vida solitaria, dejado al libre albedrío, habría de ser sustituido por los cenobios de vida comunitaria, donde todo estaba reglamentado y la vida se hacía en comunidad; el trabajo, la oración la comida, todos obedeciendo las órdenes del superior y donde nada se podía hacer sin su consentimiento, era algo parecido a las primeras comunidades cristianas. El monje de Tabenna sabía muy bien que “el que quiere conseguir la perfección debe renunciar a su voluntad propia” de aquí arrancarían todos los grandes promotores posteriores de la vida monástica como Basilio, Columbano o Benito. Con toda justicia Pacomio ha pasado a la historia de la Iglesia como padre del cenobio.
La gran peste que se desató el año 346 en la Tebaida, región donde estaban los monasterios diezmó a los monjes y alcanzó también a Pacomio, a consecuencia de la cual murió el 9 de mayo de 346.
La tradición cuenta que San Pacomio introdujo la devoción al Komboskini, una cuerda de oración, entre sus monjes, para que recitaran la regla y además vencieran las tentaciones, repitiendo "Señor Jesucristo, Hijo de Dios, ten piedad de mí, pecador", oración enseñada por el arcángel San Gabriel.
