Nace en Madrid (España) el 17 de enero de 1565. Al fallecer su madre, cuando tenía apenas nueve años, su padre contrajo segundas nupcias, y la madrastra de Mariana empezó a hacerle la vida imposible a la niña, y pronto, para alejarla de casa, le preparó un matrimonio. La joven ya había elegido como único esposo a Jesús. Angustiada dirigiose a la capilla de la Virgen de los Remedios, de los mercedarios, donde encontró al padre Juan Bautista González, quien ilumino sus pasos y la condujo por los senderos de la perfección. Desde 1598 hasta su muerte fue su director espiritual. El Señor la visitó con una grave enfermedad, por la que no pudo ingresar a ningún convento en calidad de religiosa. Pero puso su morada en una pequeña casa, vecina al convento de los mercedarios recoletos, donde paso varios años dedicada a la oración y la penitencia. Finalmente fue admitida en calidad de terciaria a recibir el hábito de la Merced, que el fue impuesto por el padre Felipe Guimerán, Maestro General de la Orden, quien al año siguiente, el 20 de mayo de 1614, le recibió la profesión.
Vestida con el hábito vivió en esa casa dedicada a las obras de caridad hacia los enfermos y necesitados. Se distinguió, además, por su humildad, su devoción a la Santísima Virgen y al Santísimo Sacramento. Escribió su autobiografía espiritual. Atacada por violenta pleuresía, falleció el 17 de abril de 1624. Su cuerpo se conserva incorrupto en la iglesia madrileña de Don Juan de Alarcón y ha sido examinado en 1627, cuando se inicio el proceso de beatificación. Se han realizado nuevamente reconocimientos de su cuerpo en 1731 y en 1735; en 1924, con motivo del tercer centenario de su muerte, y en junio de 1965, con ocasión del cuarto centenario de su nacimiento. Pío VI la beatificó solemnemente en la basílica vaticana el 25 de mayo de 1873.
La causa de la beata Mariana de Jesús se lleva por vía ordinaria, no por vía de culto. El 31 de agosto de 1782 el papa da el decreto sobre los milagros en el convento de San Janino, de los mercedarios descalzos. La incorrupción fue considerada milagro de segundo grado, y la curación de Pedro Fernández, de tercer grado. El 18 de enero de 1783, el papa Pío VI beatifica solemnemente a Mariana de Jesús en la basílica Vaticana.
El 8 de marzo de 2011 se abre el proceso diocesano de canonización en la iglesia de las Mercedarias del convento de Alarcón de Madrid.