Nació el 27 de septiembre de 1907 en la ciudad de Talca. Fue uno de los 19 hijos del matrimonio conformado por Raúl Silva Silva y Mercedes Henríquez.
Ingresó, en 1918, al Liceo Blanco Encalada de Talca, el que estaba a cargo de los Hermanos de las Escuelas Cristianas, y posteriormente al Liceo Alemán de Santiago, de los padres del Verbo Divino.
Se recibió de Bachiller en 1923 e ingresó a la Facultad de Derecho de la Universidad Católica de Chile, titulándose de abogado en diciembre de 1929.
A los 22 años, entró a la Congragación Salesiana en Santiago. Estudió Filosofía en Chile y, luego, se doctoró en Teología y Derecho Canónico en Turín (Italia). Fue ordenado sacerdote el 4 de julio de 1938.
Volvió a Chile a fines de 1938 y pasó a desempeñar las cátedras de Derecho Canónico, Teología Moral e Historia Eclesiástica en su congregación.
En 1943, fue nombrado primer rector del Liceo Manuel Arriarán Barros, y estando allí construyó el Templo Nacional San Juan Bosco. En 1948, fue designado rector del colegio Patrocinio San José y fue fundador y presidente nacional de la Federación de Colegios Particulares Secundarios (FIDE). Dos años más tarde, ocupó el cargo de director del Instituto Teológico Salesiano.
A comienzos de 1953, la Sagrada Congregación de Religiosos del Vaticano ordenó hacer congresos locales de las órdenes religiosas. En nuestro país se nombró a Silva Henríquez organizador del evento.
También participó en la creación del Instituto Católico de Migraciones, o Incami, (en 1955) y de Caritas Chile. Llegó a ser presidente de Caritas Internacional (1962).
Obispo, arzobispo y cardenal
El 24 de octubre de 1959, fue nombrado obispo de Valparaíso por el papa Juan XXIII. Luego, el 25 de mayo de 1961, fue nombrado arzobispo de Santiago. En febrero de 1962, el mismo pontífice lo nombró cardenal y su lema episcopal fue Caritas Christi urget nos (la caridad de Cristo nos urge).
Su labor en la Arquidiócesis de Santiago se caracterizó por sus numerosas realizaciones. Por destacar solo algunas: organizó la Arquidiócesis en decanatos, zonas pastorales y vicarías especializadas y fundó numerosas instituciones de formación religiosa, de promoción social, de defensa de la justicia y de los derechos humanos.
En el gobierno de Eduardo Frei Montalva, Silva Henríquez inició la Reforma Agraria al impulsar la distribución de las tierras de la Iglesia entre trabajadores y campesinos.
Durante las turbulentas décadas de los años 60 y 70, el cardenal intentó mediar entre las diferentes facciones políticas. De igual manera, medió en las revueltas estudiantiles que protagonizaron los universitarios chilenos en 1967.
Entre 1972 y 1973 procuró lograr un entendimiento entre el gobierno de Salvador Allendey la oposición. Pero no pudo evitar el golpe de Estado del 11 de septiembre de 1973.
Al poco tiempo, Silva Henríquez se irguió como uno de los principales defensores de los derechos humanos. Producto de su ecumenismo, fundó con la ayuda de varias otras iglesias cristianas el Comité Pro Paz (1974), con el fin de resguardar a los perseguidos de la dictadura. Con el tiempo, este comité se transformó en la Vicaría de la Solidaridad (1976).
El 10 de junio de 1983 dejó la Arquidiócesis de Santiago, sucediéndole en el cargo monseñor Juan Francisco Fresno. Con posterioridad a este hecho, se mantuvo alejado de la vida pública, producto de sufrir de Alzheimer.
Murió el 9 de abril de 1999. En su funeral se le rindieron los máximos honores de Estado y su cortejo fue acompañado por miles de personas.