Mariano José de Ibargüengoitia y Zuloaga nació en Bilbao el 8 de septiembre de 1815, siendo el menor de 11 hermanos, en el seno de una familia relacionada con el comercio marítimo de la Villa. Recibió una educación esmerada en un ambiente de profunda religiosidad. Tiene sólo dos años cuando fallece su padre y será su madre la que sostenga la unidad familiar. Cuando todo hacía presagiar que seguiría la tradición comercial que le ofrecía un futuro prometedor, él expresa su deseo de ser sacerdote: “el comercio que quiero entender es el de salvar mi alma”. Recibe la ordenación presbiteral en la basílica romana de San Juan de Letrán el 18 de abril de 1840.
A su vuelta a Bilbao ejerce su ministerio en la parroquia de San Antonio Abad, de la que es nombrado cura párroco el 27 de noviembre de 1858; desde 1873 lo será de la basílica de Santiago (hoy iglesia Catedral), cargo que desempeñará hasta su muerte.
En 1860 es nombrado examinador sinodal por su Obispo de Calahorra, puesto de especial relieve y confianza, y en 1862, creada la diócesis de Vitoria, recibe del Papa Pío IX el título de Misionero Apostólico y recorre la diócesis predicando misiones y ejercicios espirituales. Cuatro años antes, en 1858, había editado una obra en dos tomos titulada "Ejercicios Espirituales para Sacerdotes", según el método de San Ignacio de Loyola, obra recomendada por el arzobispo san Antonio María Claret, quien decía que "debiera estar en toda biblioteca sacerdotal". Buena prueba de su finura espiritual es igualmente su obra titulada "Método para facilitar la adquisición de las virtudes por medio del examen particular”.
Como párroco, actividad principal de su ministerio, fue pionero e incansable: promotor de las primeras comuniones solemnes de niños, introductor del "Mes de María" en Bilbao, instaurador del culto al Cristo de la Misericordia en la parroquia de San Antonio Abad y de la Archicofradía del Purísimo Corazón de María para la conversión de los pecadores, de la Congregación de San Luis para la juventud, de las Conferencias de San Vicente de Paúl en ayuda de los necesitados, y de las Madres Católicas de Santa Mónica. Pastor según el Corazón de Cristo, don Mariano visita a los enfermos, a los encarcelados, a las familias pobres, dedicándose a la atención solícita y cotidiana de sus feligreses, y tantos otros trabajos que lleva consigo el celo apostólico de las almas.
Su mirada de misericordia le descubre las necesidades más urgentes de una ciudad en el albor del desarrollo industrial y despegue económico, con toda su vitalidad, pero también con sus carencias: prostitución en las calles, jóvenes huérfanas sin atención, enfermos solos en sus casas, situación precaria de los obreros, pobres que necesitan lo más urgente para sobrevivir, encarcelados. Será continua su labor de promover la fundación de comunidades religiosas que no sólo paliarán, en gran medida, esas necesidades sino que producirán en la Villa un resurgir espiritual: en 1857, comisionado por las Juntas Generales del Señorío de Vizcaya reunidas en Guernica, tramita la fundación en Bilbao de las Religiosas de Nuestra Señora del Refugio, para la rehabilitación de las mujeres que habían caído en la prostitución, y dos años después se interesa por la venida de las Religiosas de la Cruz, para que se hagan cargo de la instrucción de huérfanas pobres; en 1871 promueve la fundación del colegio de las religiosas Carmelitas de la Caridad en Zumaya (Guipúzcoa) y en 1878 llama a las mismas religiosas para abrir otra escuela en Deusto. En 1879 ayuda a los Pasionistas en la fundación del Retiro de Deusto, que será el primero de la Congregación en España.
A partir de 1871 colaboró decisivamente con santa María Josefa del Corazón de Jesús en la fundación de la congregación de las Siervas de Jesús de la Caridad, siendo el director espiritual de la misma.
Culminando una vida sacerdotal de entrega a Dios y a los hermanos, murió en olor de santidad el 31 de enero de 1888 en Bilbao. El 10 de julio de 2020, el Santo Padre Francisco ha autorizado a la Congregación de las Causas de los Santos la promulgación del Decreto de sus Virtudes Heroicas.